马克思主义学院是西安科技大学二级教学机构之一，其历史可以追溯到1958年建校时设立的公共基础课教学部马列主义教研室。1960年6月，马列主义教研室从公共基础课教学部分离，单独设置。1982年6月，校党委决定，马列主义教研室下设哲学、政治经济学、中共党史等三个教学组。1984年6月，设立共产主义思想品德教研室，隶属党委学工部。至此，思想政治理论课教学机构构架基本形成。

1989年3月，马列主义教研室更名为社会科学部。1991年，为加强学生思想政治教育，思想品德教研室改由校党委直接领导。1997年，社会科学部更名为社会科学系。1998年6月，社会科学系、思想品德教研室与采矿系企业管理、质量管理教研室合并，组建管理系。2000年11月，为适应高等教育形势和学校发展需要，校党委决定以管理系的哲学、经济学、革命史、思想道德修养等四个教研室为基础，组建新的社会科学系。2008年4月，社会科学系更名为人文与社会科学学院，下设3个系和4个教研室，分别为：政治学与行政学系、汉语言文学系、法学系、马克思主义基本原理教研室、邓小平理论教研室、近代史教研室、法律与思想道德修养教研室。

2009年6月，为进一步加强和改进大学生思想政治理论课（简称“思政课”）教学工作，学校决定成立思想政治理论教学科研部（简称“思政部”），与人文与社会科学学院合署办公。2011年6月，学校决定单独设置思政部（同时撤销人文与社会科学学院建制，其原有政治学与行政学、法学、汉语言文学等三个本科专业与外国语学院合并组建人文与外国语学院）。

2015年12月，思政部更名为马克思主义学院。